使用R包在头文件之前使用垃圾文本整合多个.xlsx文件的问题（逐列）：readxl并写入csv
我对R和编程非常陌生，需要帮助排列包含在〜2000.xls和.xlsx文件中的数据。 每个文件在头部之前以34-40行“垃圾”文本开始; 标题下的所有数据具有相同的尺寸。
第一种方法我尝试将数据添加到列表中; 垂直格式是没有用的。
library(readxl) file.list <- list.files(pattern='*.xls') dm.list <- lapply(file.list, read_excel) 我正在尝试一次读入一个文件，删除“垃圾”文本，并写入一个.csv文件（逐列追加数据）。
library(readxl) file.list <- list.files(pattern='*.xls') for(i in 1:dim.data.frame(file.list)) store.matrix <- read_excel((paste0("C:\\Users\\jlmine\\Desktop\\qPCRextData\\", file.list[i])), sheet = "Results") while (store.matrix[1,1] != "Well") #search for header { store.matrix <- store.matrix[-c(1)] } #delete non-header rows write.csv(store.matrix, file = "qPCRdataanalysis.csv", append = TRUE)
以下行引发错误：
store.matrix <- read_excel((paste0("C:\\Users\\jlmine\\Desktop\\qPCRextData\\", file.list[i])), sheet = "Results")
错误：“C：\ Users \ jlmine \ Desktop \ qPCRextData”不存在。 另外：警告信息：1：dim.data.frame（file.list）：
数值expression式有2个元素：只有第一个使用
“C：\ Users \ jlmine \ Desktop \ qPCRextData”被设置为我的工作目录任何想法将不胜感激。
没有访问您的.xlsx文件，问题似乎是在for循环语句。 list.files返回指定目录中文件的字符向量。 在长度为5的向量x上使用dim.data.frame会给你结果：
#[0, 5]
从你的警告信息，你知道只有第一个元素被用于for循环。 所以你没有循环任何事情。
所以，如果你想循环所有的文件更优雅，你会做…
for (i in seq(length(file.list)) {
我不能确定没有看到你的一些数据，但看起来你可以在每个文件中读取，find“真实”数据开始的行，然后删除“垃圾”行。 例如：
df.list = lapply(file.list, function(f) { # Read file tmp = read_excel(f, sheet="Results") # Find highest index of row containing "Well" and add 1 (assuming here # that a row containing "Well" will come before the header row). s = which(apply(tmp, 1, function(x) {grep("Well", x)}) > 0) s = ifelse(length(s) > 0, max(s) + 1, 0) # Reset column names to the values in row s (the actual header row) # Remove rows 1 through s (the "junk" text plus the header row) from the data frame if(s > 0) { names(tmp) = tmp[s, ] tmp[-(1:s), ] } })
您现在将拥有df.list ，其中每个元素是您刚加载的xls / xlsx文件之一。 您说过要按列方式组合数据，但是如果每个数据框都有相同的列，那么您是不是想堆叠数据框？ 要做到这一点，你可以这样做：
df.list = do.call(rbind, df.list)
您现在有一个数据框，您可以将其保存为csv文件。